Михаил Скотти родился 29 (17 по старому стилю) октября 1814 года в Санкт-Петербурге. После смерти своего отца, Михаил Скотти воспитывался художником Егоровым Алексеем Егоровичем.

Профессиональное художественное образование М. И. Скотти получил в Императорской Академии художеств, в период обучения награждался малыми серебряными медалями, в 1835 году получил малую золотую медаль.

В конце 1830-х годов Михаил Скотти уехал в Италию, где он оставался до 1844 года, вырабатывая свой собственный художественный стиль.

Художник Михаил Иванович Скотти писал иконы для Спасо-Преображенского собора в Нижнем Новгороде, также он выполнял иконы для православной церкви при русском посольстве в Константинополе.

В 1845 году, вскоре после возвращения в Петербург, Михаилу Ивановичу Скотти было присвоено звание художника-академика. В 1849 году Скотти переехал в Москву, где заступил на должность преподавателя в "Московском училище живописи, ваяния и зодчества".

В 1857 году Михаил Скотти снова уехал в Европу, жил во Франции и Италии.

46-летний Михаил Иванович Скотти умер 11 марта (22 февраля по старому стилю) 1861 года в Париже, захоронен на кладбище Монмартр.