Константин Крыжицкий родился 29 мая 1858 года в Киеве, учился в рисовальной школе Н. И. Мурашко. В 1877 году Крыжицкий поступил в Императорскую Академию художеств в Санкт-Петербурге, где учился под руководством Михаила Константиновича Клодта.

В 1884 году Константин Крыжицкий закончил своё обучение в академии, получив малую золотую медаль. В 1889 году Крыжицкий был повышен до звания художника-академика, а в 1900 году его избрали Действительным членом Императорской Академии художеств. Художник много путешествовал по Европе, где брал уроки у местных мастеров.

Крыжицкий был участником художественных объединений "Общество русских акварелистов" и "Общество художников имени А. И. Куинджи".

С 1884 по 1906 год К. Я. Крыжицкий преподавал рисунок в Николаевском сиротском институте. Частным образом у Константина Крыжицкого учились многие художники, например: Иван Фёдорович Шультце, Ольга Александровна Романова и другие.

Незадолго до смерти Крыжицкого, его начали активно травить и преследовать недоброжелатели, наиболее активным из которых был Александр Николаевич Бенуа, испытывающий стойкую неприязнь к спокойному художественному кредо Крыжицкого, считавшего, что каждый вид искусства имеет право на существование и развитие.

Недруги обвиняли Константина Крыжицкого в том, что его последняя картина "Повеяло весной" (1910) является плагиатом с картины "Зубры в зимнем лесу" (1909) Якова Бровара. На самом деле Константин Крыжицкий писал свою картину на основе фотографии, снятой им лично в конце 1880-х годов в Беловежской пуще. Эта фотография после своего появления неоднократно тиражировалась и распространялась среди других художников, а также простых обывателей, пока не дошла, в том числе и до Якова Бровара, создавшего по ней своё художественное произведение, ставшее "орудием" врагов Константина Крыжицкого.

Всё сходство картин Бровара и Крыжицкого заключалась всего лишь в одном дереве, однако этого хватило завистникам и недоброжелателям Константина Яковлевича чтобы раздуть слух, затем с громкой и унизительной помпой подхваченный газетными бумагомараками. Художник не выдержал травли и решил покончить с собой... В предсмертной записке он сообщал, что мог бы через суд доказать свою правоту и восстановить честное имя, но у него уже не было на это сил и желания — постоянная борьба с инсинуациями врагов вымотала его физически и опустошила душевно.

Константин Яковлевич Крыжицкий повесился 17 (4 по старому стилю) апреля 1911 года - это событие страшно потрясло художественное сообщество Санкт-Петербурга и Москвы. Чтобы восстановить доброе имя художника-академика Константина Яковлевича Крыжицкого, его бывшие ученики организовали "Общество памяти К. Я. Крыжицкого".