Иван Шишкин родился 25 января (13 января по старому стилю) 1832 года в городе Елабуга. Сын купца Ивана Васильевича Шишкина (1792 - 1872), происходящего из древнего вятского рода Шишкиных.

С 12 лет И. И. Шишкин учился в 1-й казанской гимназии, однако обучение в ней так и не закончил, перейдя из пятого класса в "Московское училище живописи, ваяния и зодчества", где учился до 1856 года, а затем, в 1857 году, поступил в Императорскую Академию художеств.

Своё обучение Шишкин не ограничивал одними только занятиями в Академии – художник постоянно писал эскизы в окрестностях Петербурга и на острове Валаам.

Уже в первый год академического обучения, Иван Шишкин получил две малые серебряные медали. Годом позже он заслужил большую серебряную медаль. В 1859 году наградой Шишкина стала малая золотая медаль, а в 1860 году он стал победителем в конкурсе на большую золотую медаль, вместе с которой получил право на пенсионерскую поездку за границу.

С 1861 по 1863 года Шишкин учился художественным приёмам в Мюнхене (Германия) у братьев-художников Бенно и Франца Адамов.

В 1863 году Шишкин переехал в Цюрих (Швейцария), где стал учеником известного художника-анималиста Рудольфа Коллера. Одновременно с этим Шишкин заинтересовался гравированием при помощи «царской водки». Из Цюриха Шишкин отправился в Женеву (Швейцария), где изучал творчество местных художников - Франсуа Диде и Александра Калама.

Из Женевы художник переехал в Дюссельдорф (Германия), где создал много рисунков пером, изрядная часть из которых была помещена в местные художественные музеи. Также, на заказ для Н. Быкова Иван Шишкин написал живописную картину «Вид в окрестностях Дюссельдорфа» - за это произведение Шишкин был удостоен звания Академика.

В 1866 году Иван Иванович Шишкин затосковал по родине и стремительно вернулся в Санкт-Петербург до истечения срока своей пенсионерской поездки. После своего возращения, Шишкин регулярно устраивал творческие поездки по России.

В начале 1870-х годов Иван Шишкин примкнул к Обществу русских аквафортистов и вновь начал заниматься гравированием при помощи «царской водки», уже не оставляя этого увлечения и занимаясь им наравне с живописью.

В 1873 году за картину «Лесная глушь» Иван Шишкин был удостоен звания Профессора Академии художеств. В 1892 году он был приглашён руководить мастерской пейзажной живописи в стенах Академии, но по ряду личных обстоятельств Шишкин не смог долгое время занимать этот пост.

Шишкин Иван Иванович скончался 20 марта (8 марта по старому стилю) 1898 года во время работы над новой картиной. Художника захоронили на Смоленском православном кладбище, а в 1950 году его прах перенесли на Тихвинское кладбище Александро-Невской лавры.